Wan Muhammad Izuddin ialah anak ketujuh daripada 11 orang adik beradik. Bapanya bernama Tuan Guru Haji Wan Ibrahim Wan Abdul Kadir atau Pak Cu Him Gajah Mati (1894–1968) merupakan tokoh ulama pondok di Kedah dan merupakan pengasas Podok Gajah Mati. Ibunya, Hajah Zainab binti Haji Ismail, ialah anak kepada Tuan Guru Haji Ismail bin Mustafa atau dikenali sebagai Tuan Guru Haji Ismail Che Dol Gajah Mati yang juga merupakan pengasas Pondok Gajah Mati[3].

Datuk di sebelah ayahnya iaitu Haji Wan Abdul Qader bin Wan Mustafa dikenali sebagai Tok Bendang Daya (meninggal dunia 1895) ialah seorang tokoh ulama Patani yang terkenal pada zamannya. Bapa saudara belah ayah beliau iaitu Sheikh Wan Ismail bin Haji Wan Abdul Qader al-Fathani terkenal sebagai Pak Da Eil al-Fatani (meninggal dunia 1965) ini adalah seorang guru yang masyhur mengajar di Masjidil Haram, Mekah[4]. Ipar beliau juga merupakan seorang ulama yang mengasas pondok di Kuala Nerang, iaitu Tuan Guru Dato' Haji Ahmad Mohd Nor.